寡核苷酸(Oligonucleotide)，是一类只有20个以下碱基对的短链核苷酸的总称(包括脱氧核糖核酸DNA或核糖核酸RNA内的核苷酸)，寡核苷酸可以很容易地和它们的互补对链接，所以常用来作为探针确定DNA或RNA的结构，经常用于基因芯片、电泳、荧光原位杂交等过程中。

LC-MS是众多寡核苷酸生物分析方法中的一种。由于寡核苷酸属于酸性强极性化合物，因此在一般色谱柱上很难保留。离子对反相色谱法是较为常用的一种方法，离子对试剂可以增强寡核苷酸在反相色谱上的保留。1、带正电的离子对试剂会与带负电的寡核苷酸磷酸骨架在溶液中构成离子对，减少了寡核苷酸的净电荷并增加了疏水性，疏水相互作用促成了寡核苷酸在离子对反相色谱中的保留；

2、离子对试剂依靠其疏水性烷基链可以吸附于反相色谱的固定相上以形成离子交换剂，静电相互作用有助于寡核苷酸在反相色谱中的保留。

常用离子对主要有基于乙酸胺试剂和基于1,1,1,3,3,3-六氟异丙醇(HFIP)的胺类离子对试剂。例如三乙铵乙酸溶液广泛用于寡核苷酸纯化、分析的RP-HPLC缓冲液。三乙胺和1,1,1,3,3,3-六氟异丙醇(HFIP)的缓冲液可提高寡核苷酸LC-MS分析中ESI检测的灵敏度。三乙铵乙酸溶液、三乙胺和1,1,1,3,3,3-六氟异丙醇(HFIP)，可以使在寡核苷酸分析范围内不会出现UV吸收的情况。由于1,1,1,3,3,3-六氟异丙醇(HFIP)的沸点和酸性更弱，因此基于 1,1,1,3,3,3-六氟异丙醇(HFIP)的离子对试剂比基于乙酸的离子更为常用。